國家衛生研究院之濫觴為1988年中央研究院院士會議中，建議政府成立國家醫學研究中心；規劃小組於1991年開始推動「行政院衛生署整合性醫藥衛生科技研究計畫」業務；1994年7月設置「國家衛生研究院籌備處」，於1996年1月正式成立。

為有效發揮功能及永續發展，於2004年搬遷至永久院址—新竹科學園區竹南基地，並於2007年9月成立國家衛生研究院南部癌症研究中心。

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